Normalmente, esse problema acontece porque existem duas inscrições. Uma no domínio principal de seu site e outra num subdomínio do Pushnews. Isso se deu pois, em algum momento, você não possuía o nosso service worker instalado na raiz de seu domínio, por isso, nosso sistema mostra o convite em uma pop up:

Ao clicar em Eba, quero!, o usuário é encaminhado para outra aba, que, se der o Permitir, ficará atrelado ao subdomínio do pushnews, veja:

Diferentemente do primeiro convite mostrado, este convite abaixo (nativo) atrela o usuário diretamente em seu domínio:

Portanto, para parar de receber notificações duplicadas é necessário se desinscrever da pop up de recepção de push apontada na primeira imagem.
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Para isto, é necessário visualizar este outro artigo:
​Como desfazer a inscrição do convite em dois passos no Google Chrome

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Em caso de dúvidas, visite nossa Central de Ajuda.
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